免疫系の大混乱第三に、細菌の毒素成分などには、免疫細胞一般に対する強い刺激能力を持つ成分が含まれている。そうした成分の中には、抗原に対するＢ細胞やＴ細胞のクローンだけではなく、自己反応性細胞を含む多くのクローンをいっせいに刺激してしまうものがある。たくさんのＴ細胞クローンを刺激してしまうものの中には、細菌の毒素など、「スーパー抗原」と呼ばれるものが含まれている。スーパー抗原は、一群のＴ細胞クローンを、非特異的に強力に刺激してしまう。刺激された細胞は、大量のサイトカインを放出したり、逆にいっせいにアポトーシスで死んでしまったりする。サイトカインが大量に放出された場合には、もともと抑えられていた自己反応性Ｂ細胞やＴ細胞が、抗原とは無関係に活性化され、ついで対応する自己成分と反応することによって、クローンを拡大してしまう。
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