ウイルスや最近などの感染が起こると、当然それらは異物として認識され免疫反応が起こるが、たまたまその微生物の成分が自己成分とよく似た構造を持っていた場合には、作られた抗体や細胞が、自己成分にまで反応してしまう。ことに抗体が成熟し、抗原との結合力を高めてゆくプロセスの中では、自己成分と反応するような変異が起こる場合も考えられる。その場合は、強い自己破壊を起こすような抗体が作られてしまう。また、ＭＨＣ主要組織適合遺伝子複合体に結合してＴＣＲＴ細胞抗原受容体に認識されるウイルスタンパク質の断片などは、非常に小さなペプチドだから、それによく似た自己成分を見つけるのは難しくない。しばしば艦船の跡に、自己免疫疾患が発症したり悪化したりするという事実からも、微生物の成分と自己抗原の交叉反応性は重要な要因となる。
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