同じように脳神経系も、一般には脳血液関門と呼ばれるバリアで隔てられており、脳神経系の細胞や成分は、血液中を流れる免疫系細胞に接触するチャンスはない。リンパ球などの血液細胞は、脳神経系の実質の中に入り込むことはない。すなわち、内分泌組織や脳神経系組織は、免疫系から隔絶された位置に存在することになる。こうした臓器の成分は、一般に「隔絶抗原」と呼ばれ、免疫系にとっては、自己の体内にありながら「非自己」になってしまうのである。成長後に、たまたまそれが血流中に入り、免疫細胞に接触すると、「非自己」として認識されて自己免疫疾患が起こりえる。その一例として、片方の目に外傷を受けたとき、しばしばもう一方の目にも炎症が波及する。交感性眼炎と呼ばれる。これは傷害されて流れ出た網膜の成分が免疫系を刺激して、正常なほうの目に対しても自己免疫疾患を起こすからである。免疫系の誤作動、交叉反応性第二のメカニズムとして、「交叉反応性」ということが考えられている。
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