そのほかにも、皮膚の細胞や胃の粘膜細胞に対する自己免疫疾患、睾丸の造精細胞などに対する抗体で起こる無精子症など、人体のほとんどあらゆる臓器組織で自己免疫疾患が起こり得ることが知られている。全身に広がる自己免疫疾患一方、全身性自己免疫疾患は、体中に張り巡らされた結合組織や血管などの細胞、さらには、細胞が作り出した繊維成分や基質のタンパク質、多糖類などに対する抗体が作り出されることによって起こる。抗体は、直接細胞に結合して障害するだけでなく、破壊された細胞から流れ出た抗原物質と抗原抗体結合物を作って、血管、腎臓、皮膚、関節などの組織に沈着し、さらにそこに血液由来の炎症性の補体成分などが結合することによって、全身に広がる激しい炎症をもたらす。全身性自己免疫疾患には、全身性エリテマトーデスＳＬＥ、慢性関節リウマチＲＡ、シューグレン病、ベーチェット病など、いまだに治療法のみつかっていない難病が含まれている。ことにＳＬＥでは、生命の設計図であるＤＮＡに対する自己抗体が大量に作り出される。
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